La Escuela inició su funcionamiento en el curso 1967/68, previa publicación de la Orden de 27 de julio de 1967 por la que se dan normas para la entrada en funcionamiento de las Escuelas de Ingeniería Técnica de Obras Públicas de Burgos y las de Ingeniería Técnica Agrícola de León y Lugo (BOE 22/08/1967), esta Orden desarrollaba el Decreto 3608/1963 de 12 de Diciembre (BOE 02/01/1964) por el que se creaban Escuelas de enseñanzas técnicas.
En un principio el Centro dependía, al igual que todas las Escuelas Universitarias, directamente del Ministerio de Educación y Ciencia, pasando en el año 1973 a depender de la Universidad de Oviedo y en el año 1979 a la Universidad de León.
En el año 1967/68 las enseñanzas se impartieron en la Facultad de Veterinaria y en el siguiente curso, 1968/69, el día 9 de Noviembre, se inició la docencia en el edificio que actualmente ocupa, con la especialidad de Explotaciones Agropecuarias según el Decreto 2430/1965 de 14 de agosto (BOE 24/08/1965).
En el curso 1987/88 se implantó una nueva especialidad, Mecanización Agraria y Construcciones Rurales, según Acuerdo del Consejo de Rectores de 29/07/1987 (BOE 5/10/1987) y según el Decreto anteriormente citado estos títulados serían técnicos especializados en la fabricación y empleo de máquinas agrícolas, así como en obras civiles aplicables a explotaciones agropecuarias.
La Escuela que de aquella se llamaba Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Agrícola (EUITA) se encuentra en una finca de 16 has denominada «La Vega de Armunia» que en sus orígenes era propiedad de la Junta Vecinal de Armunia. Las gestiones para su cesión fueron realizadas en los años sesenta, por el que fue el primer director, Sr. Aguado- Jolis Smolinski.
El Sr. Aguado- Jolis Smolinski, desempeñó el cargo de director de la Escuela desde julio de 1967 hasta mayo de 1977. El segundo director de la Escuela fue D. Rafael de Cos Jährling que tomó posesión de su cargo en julio de 1977. Coincidiendo con la toma de posesión del Sr. De Cos Jährling, se celebró el acto de agradecimiento y homenaje al Sr. Aguado- Jolis Smolinski, como promotor y primer director, descubriendo una placa que continúa aún hoy situada en el hall de la Escuela.
D. Rafael de Cos cesó como director en noviembre de 1998 siendo sucedido por D. Juan Antonio Boto Fidalgo, tercer director hasta noviembre de 2006. El cuarto director de la Escuela fue D. Francisco Javier López Díez que desempeñó su cargo hasta noviembre del 2014, fecha en la que tomó posesión el quinto director, D. Pedro J. Aguado Rodríguez, cargo en el que continúa en la actualidad.
El Real Decreto 1050/1992 de 31 de Julio (BOE 26/08/1992) autorizó la implantación de las enseñanzas conducentes a la obtención del Título de Ingeniero Agrónomo, implantándose en el curso 1992/93, con la puesta en funcionamiento del primer curso del 2º Ciclo de Ingeniero Agrónomo.
Ambas enseñanzas, las de Ingeniero Técnico Agrícola e Ingeniero Agrónomo estaban ubicadas en el Centro que pasó a denominarse Escuela Superior y Técnica de Ingeniería Agraria, según Real Decreto 1286/1993 de 30 de julio (BOE 28/08/1993).
En el curso 1996/97 se estrenó el Campus de Ponferrada, situado en el antiguo Hospital «Camino de Santiago». Se remodeló un ala de dicho centro para las dos titulaciones que se empezaron a impartir allí: Ingeniería Técnica Agrícola, especialidad en Industrias Agrarias y Alimentarias, e Ingeniería Técnica Forestal, especialidad en Explotaciones Forestales. El Decreto 19/1997 de 6 de febrero (BOCyL 12/02/1997) autoriza a la Universidad de León para que organice la implantación de estas titulaciones en la sede de Ponferrada de la Escuela.
En el curso 1997/98 se inició una tercera especialidad de Ingeniero Técnico Agrícola en el campus de León: Hortofruticultura y Jardinería (Acuerdo de la Comisión Académica del Consejo de Universidades de 18 de septiembre de 1997).
Por lo tanto en este Centro llegaron a existir todas las titulaciones que daban acceso a las distintas especialidades de la profesión regulada de Ingeniero Técnico Agrícola, las cuales se han transformado actualmente en un único Grado (Grado en Ingeniería Agraria) con tres menciones: mención en Ingeniería Rural, en Ingeniería Agroambiental y en Ingeniería Agroalimenaria, cubriéndose así las cuatro especialidades de la profesión de Ingeniero Técnico Agrícola.
Asimismo en la actualidad también se siguen impartiendo en esta Escuela los estudios conducentes a la profesión de Ingeniero Agrónomo (actualmente Máster U. en Ingeniería Agronómica) y en el campus de Ponferrada, los estudios conducentes a la profesión de Ingeniero Técnico Forestal (actualmente Grado en Ingeniería Forestal y del Medio Natural).
En Junta de Escuela del 27 de junio de 2017 se aprobó el cambio de denominación de la Escuela que pasará a llamarse: Escuela de Ingeniería Agraria y Forestal (EIAF).